Unsere Hauptwache in Deggendorf befindet sich in einer Großen Kreisstadt im niederbayerischen Landkreis Deggendorf. Die Hochschulstadt wird aufgrund ihrer Lage im Donautal, gegenüber der Mündung der Isar in die Donau und am Fuße des Bayerischen Waldes auch als Donaustadt und „Tor zum Bayerischen Wald“ bezeichnet.
Sie ist an zwei Punkten mit der Nachbarstadt Plattling in einem sogenannten Verflechtungsraum verwachsen und bildet gemeinsam mit den Städten Plattling und Osterhofen das Oberzentrum Deggendorf. Die Stadt wird von der Donau durchflossen, im Gemeindeteil Fischerdorf mündet die Isar an der Stadtgrenze zwischen Deggendorf und der Nachbargemeinde Moos im Stadtgebiet in die Donau.